A Seção de Exames Papiloscópicos Avançados – SEPA – é responsável pelo exame de confronto entre os fragmentos de impressões papiloscópicas. O material analisado é encaminhado pelas Seções de Perícia Externa do Instituto de Identificação, quando reveladas em local de crime, ou pelo Laboratório de Exames Papiloscópicos do Instituto de Identificação, quando há encaminhamento de objetos correlatos ao local de crime.

O exame pericial analisa padrões decadactilares ou palmares das pessoas envolvidas na ocorrência policial, bem como realiza a busca dessas pessoas em um sistema de pesquisa automatizada de impressões digitais e palmares.
Inicialmente, os Peritos Papiloscopistas avaliam se um fragmento de impressão papiloscópica possui condições qualitativas de confronto ou não.

Em seguida, é realizado o melhoramento das imagens dos fragmentos, para que seja possível a correta marcação das características individualizadoras das impressões digitais ou palmares. Por fim, é realizado o confronto das latentes para identificar a autoria dos vestígios ou realizar a exclusão de suspeitos das ocorrências.

As informações obtidas por esta Seção são consolidadas em Laudo de Exame Papiloscópico, que será encaminhado em resposta às solicitações das delegacias e órgão externos.